杭州医学院是两个学院。

全日制在校大学生、本科生、研究生7200余人。基础医学、公共卫生与预防医学、药学三个一级硕士项目；设立临床护理国家重点临床专业；四个省级一级学科(B类):临床医学、基础医学、药学、公共卫生、预防医学；两个省级重点学科群，如微创外科学科群和生物医学重点学科群；局级重点学科(群)17个，包括生物医学、病原体分子生物学、劳动卫生学、营养学、实验动物基因工程、药学、临床病理学、普外科(肝胆胰)、实验诊断学。设有临床医学、口腔医学、公共卫生与预防医学、药学、法医学、医学技术、护理、物理、电子信息等9个专业班，15个本科专业。同时还开设临床医学、药学、护理学、医学检验技术等11个专业。拥有国家一级专业建设工地1个，中央支持专业建设项目2个，首批“优秀博士教育培养计划”试点项目1个，省级一级专业建设工地3个，省级优势专业2个，省级特色专业7个。

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